出版書誌データベース

医学・生命科学で細胞の特性や差異の解析に汎用されるRNA-Seqは，データをどう料理するかが腕の見せどころ．PC １台から実践できる一流シェフ（データサイエンティスト）のレシピを，みんなのラボへ．

Chapter 1　まずはこれだけ! 解析環境を整える〜Mac+Biocondaを中心に

Chapter 2　データを入手する
（1）RNA-Seqの注意点〜外注時のリード数，小分子・長分子での違いなど
（コラム）RNA-Seq vs マイクロアレイ
（2）公共データの利用〜AOEとRefEx，SRAデータ取得，メタ解析

Chapter 3　転写産物の発現を定量する
（1）リファレンスゲノムにマッピングする方法①〜HISAT2+StringTie
（2）リファレンスゲノムにマッピングする方法②〜STAR+RSEM
（コラム）Strand NGS〜RNA-SeqデータをGUIで解析する
（3）リファレンスゲノムにマッピングしない方法〜salmon，kallisto，tximport
（FAQ）RNA-Seq定量にまつわるFAQ
（4）転写開始点を解析する方法〜CAGE
（コラム）各種ツールの実行時間比較

Chapter 4　リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う

Chapter 5　発現変動遺伝子群を検出する

Chapter 6　サンプル間の発現変動した遺伝子群の機能を推定する〜エンリッチメント解析
（コラム）Ingenuity Pathway Analysis〜発現プロファイルの生物学的意義をGUIで解析する
（コラム）アノテーション情報とID変換〜Gene Ontology，BioMart，Spotfire

Chapter 7　多数のサンプル間の類似度を比較する〜1細胞RNA-Seqの場合
（1）次元削減と可視化
（2）類似度の計算とクラスタリング
（コラム）1細胞RNA-Seq解析の動向

Chapter 8　リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う〜iDEP

Chapter 9　論文投稿に必須！ データを登録・公開する〜DRA，GEA
（コラム）解析結果を論文発表する際にはここに気をつけよう

索引