第１章 中小企業の定義と特例措置等
第１ 中小企業の定義と特例措置
１ 税法における中小企業の取扱い
２ 中小法人を適用対象法人とする特例措置
（1）中小法人
（2）対象制度
３ 中小企業者を適用対象法人とする特例措置と優遇措置
（1）中小企業者
（2）みなし大企業
（3）適用除外事業者
（4）特例措置の対象制度
（5）優遇措置の対象制度
（6）令和３年度税制改正前の中小企業投資促進税制における中小企業者の範囲（参考）
４ 中小法人と中小企業者の相違点
５ 中堅企業者を適用対象とする特例措置
（1）中堅企業者
（2）対象制度
６ 中小企業税制一覧
７ 今後の中小企業税制の改正の方向性
第２ グループ通算制度における中小判定
１ グループ通算制度の概要
２ 中小通算法人
３ グループ通算制度における中小企業者
４ グループ通算制度における適用除外事業者
（1）通算適用除外事業者
（2）通算加入適用除外事業者
（3）通算加入適用除外事業者の規定が適用されない制度
第３ 資本金の額の減少手続
１ 概要
（1）減資と中小企業税制
（2）会社法における減資
２ 株式会社の手続
（1）減資に必要な株式会社の決議
（2）債権者異議手続
（3）減資の効力発生日
（4）減資に伴う登記
３ 会計処理
（1）資本金の額の減少（資本準備金又はその他資本剰余金への振替）
（2）資本金の額の減少による損失のてん補を行った場合
４ 税務処理
（1）資本金の額の減少（資本準備金又はその他資本剰余金への振替）
（2）資本金の額の減少による損失のてん補を行った場合
５ 持分会社の手続
（1）持分会社において減資が認められる場合
（2）債権者異議手続
（3）減資の効力発生日
（4）減資に伴う登記
６ 事例及び法人税申告書別表記載例
（1）資本金の額の減少（その他資本剰余金への振替）
（2）資本金の額の減少による損失のてん補を行った場合
第４ 特定の基金に対する負担金等の損金算入の特例（中小企業倒産防止共済制度）
１ 概要
２ 制度の詳細
（1）加入対象法人
（2）掛金
（3）共済金の貸付け
（4）一時貸付金の貸付け
（5）共済契約の解約
（6）税務上の取扱い
３ 実務上の留意点
４ 事例及び法人税申告書別表記載例
（1）前提
（2）計算
（3）別表記載例
第２章 中小法人の取扱い
第１ 貸倒引当金制度
１ 概要
（1）基本的な内容
（2）貸倒引当金繰入限度額及び経理処理
（3）申告要件
２ 個別貸倒引当金
（1）長期棚上げ基準
（2）実質基準
（3）形式基準
（4）書類の保存要件
３ 一括貸倒引当金
（1）一括評価金銭債権の意義
（2）貸倒実績率による場合
（3）法定繰入率による場合
４ 実務上の留意点
（1）個別貸倒引当金と一括貸倒引当金の区別
（2）保証金等の取扱い
（3）貸倒損失の貸倒引当金繰入額への変更
５ 事例及び法人税申告書別表記載例
（1）個別貸倒引当金
（2）一括貸倒引当金
第２ 欠損金の繰越し
１ 概要
（1）制度の趣旨
（2）制度の概要
２ 青色欠損金の繰越控除
（1）制度の詳細
（2）申告要件
３ 災害損失金の繰越控除
（1）制度の詳細
（2）災害損失金額
（3）災害損失特別勘定
（4）申告要件
４ 特定株主等によって支配された欠損等法人の欠損金の繰越しの不適用
（1）制度の詳細
（2）欠損等法人
（3）欠損金の繰越しの不適用となる一定の事由
（4）欠損等法人が特定資産を譲渡等した場合
５ 解散した法人の期限切れ欠損金の繰越控除
（1）制度の詳細
（2）申告要件
６ 実務上の留意点
（1）損金算入の順序
（2）控除可能な欠損金の把握
７ 事例及び法人税申告書別表記載例
（1）前提
（2）計算
（3）別表記載例
第３ 法人税率の特例
１ 概要
２ 制度の詳細
（1）普通法人
（2）協同組合等
（3）公益法人等
（4）人格のない社団等
（5）特定の医療法人
（6）通算法人
（7）軽減税率を含む法人税率のまとめ
３ 実務上の留意点
（1）事業年度が１年に満たない法人に対する軽減税率の適用
（2）表面税率と実効税率
４ 事例及び法人税申告書別表記載例
（1）前提
（2）計算
（3）別表記載例
第４ 特定同族会社の留保金課税の不適用
１ 概要
２ 制度の詳細
（1）適用対象法人
（2）特定同族会社の意義
（3）被支配会社の意義
（4）同族会社・被支配会社・特定同族会社の関係性
（5）特定同族会社の判定時期
（6）特定同族会社の判定の具体例
３ 実務上の留意点
（1）特定同族会社の判定を特に意識するべき具体例
（2）留保金課税への対応策
第５ 交際費等の定額控除限度額制度
１ 概要
２ 制度の詳細
（1）交際費等
（2）交際費等の損金不算入額の計算
（3）接待飲食費
３ 実務上の留意点
（1）申告要件
（2）１人当たり10,000円以下の飲食費
４ 事例及び法人税申告書別表記載例
（1）前提
（2）計算
（3）別表記載例
第６ 欠損金の繰戻しによる還付
１ 概要
（1）制度の趣旨
（2）制度の概要
２ 青色欠損金の繰戻還付
（1）制度の詳細
（2）解散等があった場合
（3）申告要件
３ 災害損失欠損金の繰戻還付
（1）制度の詳細
（2）申告要件
４ 実務上の留意点
（1）欠損金の繰戻還付の選択
（2）地方法人税の還付
（3）欠損金額の差異
（4）還付された法人税及び地方法人税の取扱い
５ 事例及び法人税申告書別表記載例
（1）前提
（2）計算
（3）別表記載例
第３章 中小企業者の取扱い
第１ 試験研究を行った場合の法人税額の特別控除（研究開発税制）
１ 概要
（1）制度の趣旨
（2）制度の概要
２ 制度の詳細
（1）試験研究費の額
（2）中小企業技術基盤強化税制（中小企業基盤型）
（3） 特別試験研究費の額に係る税額控除制度（オープンイノベーション型）
（4）一般試験研究費に係る税額控除制度（一般型）
３ 実務上の留意点
（1）中小企業者であるかどうかの判定
（2）オープンイノベーション型と一般型又は中小企業基盤型との選択
（3）中小企業基盤型と一般型との選択
（4）試験研究費の額の対象とならない費用の額
～損金不算入の費用の額～
（5）試験研究費の額の対象とならない費用の額
～臨時的・偶発的な除却損の額～
（6）他の者から支払を受ける金額の範囲
（7）地方税（法人住民税）の中小企業者等に係る特例措置
４ 事例及び法人税申告書別表記載例
（1）前提
（2）計算
（3）別表記載例
第２ 中小企業者等が機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除（中小企業投資促進税制）
１ 概要
（1）制度の趣旨
（2）制度の概要
２ 制度の詳細
（1）適用対象法人
（2）特定機械装置等の範囲
（3）指定事業
（4）特別償却
（5）法人税額の特別控除
３ 実務上の留意点
（1）他の特別償却制度等との重複適用の排除
（2）所有権移転外リース取引の場合
（3）事業年度の中途に中小企業者等に該当しなくなった場合
（4）主たる事業でない場合の適用
（5）指定事業とその他の事業とに共通して使用される特定機械装置等
（6）特定機械装置等の対価につき値引きがあった場合
（7）地方税（法人住民税）の取扱い
４ 事例及び法人税申告書別表記載例
（1）前提
（2）計算
（3）別表記載例
第３ 地方活力向上地域等において特定建物等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除（地方拠点強化税制）
１ 概要
（1）制度の趣旨
（2）制度の概要
２ 制度の詳細
（1）適用対象法人
（2）適用対象事業
（3）特定建物等
（4）特別償却
（5）法人税額の特別控除
３ 実務上の留意点
（1）圧縮記帳の適用
（2）他の特別償却制度等との重複適用の排除
（3）所有権移転外リース取引の場合
（4）中小企業者であるかどうかの判定
（5） 特定建物等の対価につき値引きがあった場合の税額控除限度額の計算
（6）地方税（法人住民税）の中小企業者に係る特例措置
４ 事例及び法人税申告書別表記載例
（1） 前提
（2）計算
（3）別表記載例
第４ 中小企業者等が特定経営力向上設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除（中小企業経営強化税制）
１ 概要
（1）制度の趣旨
（2）制度の概要
２ 制度の詳細
（1）適用対象法人
（2）特定経営力向上設備等
（3）特別償却
（4）法人税額の特別控除
３ 実務上の留意点
（1）他の特別償却制度等との重複適用の排除
（2）修繕費の取扱い
（3）補助金を受けて取得する設備の取扱い
（4）購入ではなくリースした設備の取扱い
（5）地方税（法人住民税）の取扱い
（6）制度の適用を受けるための手順
（7）経営力向上計画
４ 事例及び法人税申告書別表記載例
（1）前提
（2）計算
（3）別表記載例
第５ 中小企業者等の給与等の支給額が増加した場合の法人税額の特別控除（中小企業向け賃上げ促進税制）
１ 概要
２ 制度の詳細
（1）適用対象法人
（2）適用対象年度
（3）適用要件（通常要件）
（4）適用要件（上乗せ要件を満たす場合）
（5）中小企業者等税額控除限度額
（6）繰越控除制度
３ 実務上の留意点
（1）申告要件
（2）地方拠点強化税制における雇用促進税制との重複適用
（3）地方税（法人住民税）の中小企業者等に係る特例措置
４ 中堅企業者向け賃上げ促進税制（創設）
（1）制度の概要
（2）適用要件（通常要件）
（3）適用要件（上乗せ要件を満たす場合）
（4）マルチステークホルダー方針の公表等
５ 事例及び法人税申告書別表記載例
（1）前提
（2）計算
（3）別表記載例
第６ 法人税の額から控除される特別控除額の特例
１ 概要
２ 制度の詳細
（1）調整前法人税額超過額の繰越し
（2）税額控除可能額
（3）調整前法人税額
（4）控除可能期間
（5）繰越税額控除限度超過額
（6）申告要件
３ 実務上の留意点
４ 事例及び法人税申告書別表記載例
（1）前提
（2）計算
（3）別表記載例
第７ 特定税額控除制度の不適用
１ 概要
（1）制度の趣旨
（2）制度の概要
２ 試験研究を行った場合の法人税額の特別控除（研究開発税制）
３ 地域経済牽引事業の促進区域内において特定事業用機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除（地域未来投資促進税制）
４ 生産工程効率化等設備を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除（カーボンニュートラルに向けた投資促進税制）
第８ 地域経済牽引事業の促進区域内において特定事業用機械等を取得した場合の特別償却又は法人税の税額控除（地域未来投資促進税制）
１ 概要
（1）制度の趣旨
（2）制度の概要
２ 制度の詳細
（1）適用対象法人
（2）特定事業用機械等
（3）特別償却
（4）法人税額の特別控除
３ 実務上の留意点
（1）地域未来投資促進税制の適用までの流れ
（2）圧縮記帳の適用
（3）他の特別償却制度等との重複適用の排除
（4）所有権移転外リース取引の場合
（5）地方税（法人住民税）の中小企業者に係る特例措置
４ 事例及び法人税申告書別表記載例
（1）前提
（2）計算
（3）別表記載例
第９ 生産工程効率化等設備を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除（カーボンニュートラルに向けた投資促進税制）
１ 概要
（1）制度の趣旨
（2）制度の概要
２ 制度の詳細
（1）適用対象法人
（2）生産工程効率化等設備
（3）特別償却
（4）法人税額の特別控除
３ 実務上の留意点
（1）他の特別償却制度等との重複適用の排除
（2）所有権移転外リース取引の場合
（3）地方税（法人住民税）の中小企業者に係る特例措置
４ 事例及び法人税申告書別表記載例
（1）前提
（2）計算
（3）別表記載例
第10 被災代替資産等の特別償却
１ 概要
（1）制度の趣旨
（2）制度の概要
２ 制度の詳細
（1）適用対象法人
（2）被災代替資産等
（3）特別償却
（4）申告要件
３ 実務上の留意点
（1）他の特別償却制度等との重複適用の排除
（2）法人税法上の圧縮記帳との併用
（3）２以上の被災代替建物の取得等をした場合の床面積
４ 事例及び法人税申告書別表記載例
（1）前提
（2）計算
（3）別表記載例
第11 特定事業継続力強化設備等の特別償却（中小企業防災・減災投資促進税制）
１ 概要
（1）制度の趣旨
（2）制度の概要
２ 制度の詳細
（1）適用対象法人
（2）対象期間
（3）特定事業継続力強化設備等
（4）特別償却
３ 実務上の留意点
（1）計画書の提出
（2）その他
４ 事例及び法人税申告書別表記載例
（1）前提
（2）計算
（3）別表記載例
第12 再資源化事業等高度化設備の特別償却制度（高度な資源循環投資促進税制）
１ 概要
（1）制度の趣旨
（2）制度の概要
２ 制度の詳細
（1）適用対象法人
（2）再資源化事業等高度化設備
（3）特別償却
３ 実務上の留意点
（1）他の特別償却制度等との重複規定の排除
（2）購入ではなくリースした資産の取扱い
４ 事例及び法人税申告書別表記載例
（1）前提
（2）特別償却額の計算
（3）別表記載例
第13 中小企業事業再編投資損失準備金（経営資源集約化税制）
１ 概要
（1）制度の趣旨
（2）制度の概要
２ 制度の詳細
（1）適用対象法人
（2）中小企業事業再編投資損失準備金の積立て
（3）中小企業事業再編投資損失準備金の取崩し
（4）申告要件
３ 実務上の留意点
（1）経営力向上計画認定までの手続の流れ（従来制度）
（2）経理方法
４ 事例及び法人税申告書別表記載例
（1）前提
（2）計算
（3）別表記載例
第14 特定事業活動として特別新事業開拓事業者の株式の取得をした場合の課税の特例（オープンイノベーション促進税制）
１ 概要
（1）制度の趣旨
（2）制度の概要
２ 制度の詳細
（1）特別勘定の繰入れ（所得控除）
（2）対象法人
（3）特定株式
（4）特別勘定の取崩し（所得控除分の取戻し課税）
３ 実務上の留意点
（1）事前相談と証明書の交付申請等
（2）経理方法
（3）特別勘定の取崩しの可能性
４ 事例及び法人税申告書別表記載例
（1）前提
（2）計算
（3）留意点
（4）別表記載例
第15 中小企業者等の少額減価償却資産の取得価額の損金算入の特例
１ 概要
２ 制度の詳細
（1）適用対象法人
（2）適用対象資産
（3）損金算入限度額
（4）取得価額の判定
（5）申告要件
（6）重複適用の排除
３ 実務上の留意点
（1）中小企業者等であるかどうかの判定の時期
（2）一括償却資産の損金算入制度との選択適用
（3）固定資産税（償却資産）の課税関係
４ 事例及び法人税申告書別表記載例
（1）前提
（2）会計処理、税務処理及び申告調整
（3）別表記載例
第４章 消費税の取扱い
第１ 事業者免税点制度
１ 制度の趣旨
２ 小規模事業者に係る納税義務の免除
（1）基本的な内容
（2）基準期間
（3）基準期間における課税売上高
３ 課税事業者の選択とその選択の取止め
（1）課税事業者の選択
（2）課税事業者の選択の取止め
４ 前年又は前事業年度等における課税売上高による納税義務の免除の特例
（1）基本的な内容
（2）特定期間
（3）特定期間における課税売上高
（4）特定期間における課税売上高の特例
５ 新設法人の納税義務の免除の特例
（1）基本的な内容
（2）調整対象固定資産の仕入れ等があった場合の特例
６ 実務上の留意点
（1）納税義務が免除される課税期間
（2）基準期間における課税売上高等に含まれる範囲
（3）基準期間における課税売上高の算定単位
（4）基準期間が免税事業者であった場合の課税売上高
（5）消費税課税事業者選択届出書の効力
（6）事業を開始した課税期間の翌課税期間からの課税事業者の選択
（7）適格請求書発行事業者の場合
第２ 簡易課税制度
１ 制度の趣旨
２ 適用要件
３ 消費税簡易課税制度選択届出書を提出することができない期間
４ 簡易課税の取止め
５ 簡易課税による仕入れに係る消費税額の計算
６ みなし仕入れ率
（1）基本的な内容
（2）卸売業及び小売業の定義
（3）製造業等の範囲
（4）サービス業等の範囲
（5）不動産業の範囲
（6）２種類以上の事業を営む場合のみなし仕入れ率（原則）
（7）特定１事業に係る課税売上高が全体の75％以上の場合（特例１）
（8）特定２事業に係る課税売上高が全体の75％以上の場合（特例２）
（9）２種類以上の事業を営む場合で課税売上高の事業区分がされていない場合
７ 実務上の留意点
（1）消費税簡易課税制度選択届出書の効力
（2）事業を開始した課税期間の翌課税期間からの簡易課税制度の選択
（3）旅館等における飲食物の提供
（4）固定資産等の売却収入の事業区分
（5）みなし仕入れ率の計算
（6）一般課税との有利不利の判断
（7）リバースチャージ方式の不適用
（8）適格請求書発行事業者の場合
８ 事例及び申告書付表記載例
（1）前提
（2）計算
（3）申告書付表記載例
第３ インボイス制度における中小企業向けの経過措置
１ 免税事業者に係る適格請求書発行事業者の登録申請に係る経過措置
（1）制度の趣旨
（2）内容
（3）実務上の留意点
２ 適格請求書発行事業者となる小規模事業者に係る税額控除に関する経過措置（２割特例）
（1）制度の趣旨
（2）内容
（3）適用対象となる課税期間
（4）申告要件
（5）実務上の留意点
（6）事例
３ 請求書等の保存を要しない課税仕入れに関する経過措置（少額特例）
（1）制度の趣旨
（2）内容
（3）適用対象となる課税期間
（4）実務上の留意点
第５章 地方税の取扱い
第１ 法人事業税における取扱い
１ 外形標準課税の適用除外
（1）制度の趣旨
（2）制度の概要
（3）外形標準課税対象法人の見直し
２ 所得割の所得の計算方法（中小企業税制における法人税との相違点）
（1）中小企業税制の適用
（2）欠損金の繰戻しによる還付制度の不適用
３ 所得割の軽減税率
（1）軽減税率
（2）軽減税率適用法人の判定
４ 超過税率
第２ 法人住民税における取扱い
１ 法人税割における取扱い
（1）法人税の税額控除の適用
（2）欠損金の繰戻しによる還付制度の不適用
（3）法人税割の超過税率
２ 均等割における取扱い
（1）均等割の税率
（2）資本金等の額
第３ 生産性向上や賃上げに資する中小企業者の設備投資に関する固定資産税の特例
１ 概要
（1）制度の趣旨
（2）制度の概要
２ 制度の詳細
（1）適用対象法人
（2）先端設備等に該当する機械装置等の範囲
３ 実務上の留意点
（1）中小企業者の判定時期
（2）購入ではなくリースした設備の取扱い
（3）他の制度との重複適用
（4）制度の適用を受けるための手順
参考判決等
参考資料
付録
［付録１］
令和７年度（2025年度） 経済産業関係 税制改正について（令和６年12月）（抜粋）
［付録２］
令和６年度（2024年度） 経済産業関係税制改正について（令和５年12月）（抜粋）
［付録３］
令和５年度（2023年度） 経済産業関係税制改正について（令和４年12月）（抜粋）
索引
