【書籍の特徴】
シーケンシング技術の普及に伴い、RNA-seqを中心としたトランスクリプトームデータの計測・解析が日常的になりました。このような背景から、各種解析ツールの使い方などの優れたhow to本が出版されてきました。一方で、それら解析の「中身」に関してまとめられた和書はありませんでした。そこで本書では、トランスクリプトーム解析全般に関し、理論的な背景をしっかり押さえつつ、全体として筋が通った形でまとめることを目指しました。アルゴリズムや理論に関しては、可能な限り簡略化し、それでいて本質は失わないように注意を払いながら解説しています。また、式変形などは途中経過も含め、可能な限り丁寧に説明することも心がけています。
【各章について】
1章：ゲノムなどの分子生物学の基礎からシーケンシング技術やRNA-seqの種類や特徴など、トランスクリプトーム解析に必要な基礎知識を解説する。
2章：基本的な配列アセンブリおよび転写産物に特化したトランスクリプトームアセンブリについて解説する。
3章：基本的なマッピングアルゴリズムおよびスプライシングへの対応や融合遺伝子の検出など、マッピング関連の手法を解説する。
4章：遺伝子の発現量を定量化するための手法として、決定論的や確率論的な手法、アライメントが不要な手法などを解説する。
5章：一般的な発現変動遺伝子（DEG）の検出手法のほか、スプライシング変動やバイアス補正法なども解説する。
6章：遺伝子オントロジーなどを利用してDEGを解析するエンリッチメント解析の手法を解説する。
7章：PCAやラプラシアン固有マップ、t-SNEなどの次元圧縮法を解説する。
8章：k-means法や混合ガウスモデル、スペクトラルクラスタリング、Louvain法などのクラスタリングアルゴリズムを解説する。
9章：擬時間解析やRNA velocity、細胞間コミュニケーションなどの1細胞RNA-seqの解析手法を解説する。
10章：マルチモーダル計測や空間トランスクリプトームなど、今後の発展が期待される技術を紹介する。
【読者へのメッセージ】
アルゴリズムの詳細や数式の細かい点を理解するのが難しい場合は、まずは本書をざっと通読して全体像を把握し、必要に応じて特定の章を読み返していただいて構いません。本書が読者の興味をかき立て、新たにトランスクリプトーム解析の研究に取り組むきっかけとなれば僥倖です。
【キーワード】
RNA-seq、トランスクリプトーム、アセンブリ、マッピング、発現変動遺伝子（DEG）、次元圧縮、クラスタリング、1細胞RNA-seq
