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外見からは把握できない遺伝的情報は、DNA分析技術を用いた生態学的研究「分子生態学」を用いることで、目に見える明快な情報として示せるようになった。クローン識別、親子特定、集団内の遺伝的多様性、集団間の遺伝的関係、雑種や隠蔽種の特定、種間関係の解析のすべてについて、客観性のある科学的データとして見ることができるようになっている。

本書では分子生態学について、試料採取計画の立て方、試料採取方法、筆者らが開発した「MIG-seq法（multiplexed ISSR genotyping by sequencing）」による分析手法、さらには個体、親子、集団、種という異なる生物学的階層の研究方法まで、具体的な留意事項や研究事例を踏まえて丁寧に解説する。特に「MIG-seq法」については、2026年発表の「MIG-seq2」と名付けられた最新バージョンにも言及している。

少しでも多くの研究者・学生の方々に、より適切に、より抵抗なく、より楽しみながら、この分野の研究に取り組んでいただきたいという一心で、これまでに蓄積してきたノウハウを余すところなく盛り込みまとめあげた、筆者渾身の一冊。

第1章　分子生態学でできること
1.1　はじめに
1.2　分子生態学の対象
1.3　分子生態学調査法の流れ
1.4　まとめ

第2章　分子生態学のためのDNA分析用試料採取方法
2.1　はじめに
2.2　試料採取計画の立て方
　　2.2.1　サンプルの代表性
　　2.2.2　コントロール（対照）サンプル
　　2.2.3　サンプル数
　　2.2.4　サンプル名の付け方
2.3　試料採取方法
　　2.3.1　試料採取方法の基本
　　2.3.2　試料採取・保管の道具
2.4　試料採取記録の方法（メタデータの重要性）
　　2.4.1　野帳記録
　　2.4.2　撮影記録
2.5　試料の保管方法
2.6　DNA抽出方法
2.7　まとめ

第3章　分子生態学のためのDNA分析法：MIG-seq法の基礎
3.1　はじめに
3.2　MIG-seq法の開発ストーリー
3.3　MIG-seq法の概要
　　3.3.1　第一PCR（1stPCR）
　　3.3.2　第二PCR（2ndPCR）
　　3.3.3　反応産物の調製
　　3.3.4　次世代シーケンサーによる読み取り
　　3.3.5　取得したデータの精製と解析用データセットの構築
3.4　まとめ

第4章　個体（クローン・品種）の識別
4.1　はじめに
4.2　試料採取方法
　　4.2.1　DNA個体識別におけるコントロール（対称）サンプルの重要性
　　4.2.2　クローナル植物のクローン分布構造分析における試料採取
　　4.2.3　品種識別における試料
4.3　分析方法
　　4.3.1　正確な個体（クローン・品種）識別方法において留意すべき事項
　　4.3.2　正確な個体識別に用いる手法
4.4　研究例
　　4.4.1　クローン識別
　　4.4.2　品種識別
4.5　まとめ

第5章　親子特定・花粉DNA分析
5.1　はじめに
5.2　試料採取方法
　　5.2.1　親候補個体からのDNA試料採取と識別精度の確認
　　5.2.2　コントロールサンプルを用いた親子特定精度の確認
5.3　分析方法
　　5.3.1　正確な親子特定分析において留意すべき事項
　　5.3.2　正確な親子特定分析に用いる手法
5.4　MIG-seq法を用いた親子特定研究
　　5.4.1　研究例：放流したマナマコの人工種苗個体の採捕後の親個体特定
5.5　MIG-seq法を用いた花粉DNA分析
　　5.5.1　研究例：山岳氷河の掘削試料から得られた花粉のMIG-seq分析
5.6　まとめ

第6章　集団遺伝・分子系統地理
6.1　はじめに
6.2　試料採取方法
　　6.2.1　試料の代表性
　　6.2.2　比較対照サンプル
　　6.2.3　サンプル数
6.3　分析方法
　　6.3.1　集団遺伝学的データ解析において留意すべき事項
　　6.3.2　集団遺伝学や分子系統地理学的な各種解析
6.4　研究例
6.5　まとめ

第7章　種間の系統関係
7.1　はじめに
7.2　試料の選定
　　7.2.1　ゲノムワイドSNP分析による系統解析に適した範囲
　　7.2.2　試料の代表性
　　7.2.3　外群
　　7.2.4　証拠標本
7.3　分析方法
　　7.3.1　種間系統関係のデータ解析において留意すべき事項
　　7.3.2　種間系統関係の各種解析
7.4　研究例
　　7.4.1　交雑系の解析
　　7.4.2　種間系統関係の解析，新種発見
7.5　まとめ

第8章　まとめと展望：分子生態学研究の現在進行形
8.1　はじめに
8.2　DNA分析技術・データ解析技術開発
8.3　生物多様性保全のための効率的な評価技術
8.4　環境DNA分析への応用
8.5　種多様性と遺伝的多様性の包括的な把握
8.6　絶滅危惧種の保全遺伝学
8.7　古代DNA分析
8.8　まとめ

さらに詳しく勉強したい方のための参考書
索引