・文科省新学術領域研究「ゲノム配列を核としたヤポネシア人の起源と成立の解明」（略称：ヤポネシアゲノム）のプロジェクト成果をまとめた専門書シリーズ。
・歴史的に日本列島に居住してきた人類集団「ヤポネシア人」の起源と発展の歴史を、遺伝学・考古学・言語学などの文理融合研究によって紐解く。
・第2巻では、遺跡から発掘された古代人のゲノム解析結果より得られた成果を解説。〔内容〕日本人の成り立ち（古代ゲノム研究、サピエンス史、港川人、ミトコンドリアゲノム、弥生─古墳時代、オホーツク文化人）／古代ゲノム研究（DNA抽出・評価、古代ウイルス、HLA解析、自然選択、古代タンパク質）
【主な目次】
第Ⅰ部 古代ゲノムから見た日本人の成り立ち
1. 古代ゲノム研究―概論およびヤポネシア人と大陸の関係について―
2. 古代ゲノムが書き替えたサピエンス史
3. 港川人のミトコンドリアゲノム解析
4. 古代人のミトコンドリアゲノム解析
5. 古代人ゲノムから見た弥生～古墳時代の集団形成史
6. オホーツク文化人のゲノム解析
第Ⅱ部 古代ゲノム研究の展開
7. 古代DNAの抽出、評価とその応用
8. 古代のウイルス
9. 古代人のHLA解析
10. 日本人が受けた自然選択―現代人･古代人ゲノムの解析から―
11. 古代タンパク質の検出で分かるこ
