「尊経閣古文書纂」のうち、諸家・社寺両文書に分類されない古文書を収めたもので、総数は約九二〇点である。内訳は、編年文書＝約六九一点、朝鮮文書＝二二点、外国文書＝一三点、俳人等文書＝七点、未定文書＝約一五五点、宗教関係文書＝三二点で、編年文書は三分冊、それ以外の古文書は二分冊として集成する。このうち編年文書は、年次順に五七七の番号（枝番あり）を付けて配列したもので、一番は、天平勝宝四（七五二）年六月十五日の解（重要文化財「買新羅物解」七通のうち）、最後の五七七番は、江戸時代中期、延享期（一七四五年頃）と推定される年未詳五月二十三日の日野資枝書状である。源頼朝や足利尊氏などの成巻史料や荘園・村落関係史料など多種多様な古文書が収載されている。 朝鮮文書は、豊臣秀吉による二度の朝鮮出兵に関する古文書をまとめたもので、陣法度や軍勢人数次第といった豊臣秀吉・秀次の朱印状が多く、秀吉による中国・朝鮮征服計画を記したことで著名な「豊太閤三国処置太早計」（一巻）も含まれている。外国文書には、高山国（現在の台湾）宛の豊臣秀吉朱印状（一巻）や、徳川家康時代の安南・占城（ともに現在のベトナム）等宛の渡海朱印状（五通）などを収録する。なお最終冊には、文庫が所蔵する「三朝宸翰」（二巻、国宝）、「後醍醐天皇宸翰御感状」（一幅、重要文化財）といった巻子や掛幅に装幀された宸翰などの古文書約四〇点も収録する。「三朝宸翰」は、伏見・花園・後醍醐三天皇が青蓮院門跡に宛てた宸筆消息を貼り継いだもの。第一巻が花園天皇の消息一二点、第二巻が後醍醐天皇の消息一〇点と伏見天皇の消息二点で、紙背に法華経を摺写した痕跡があり、供養経として伝来したとされる。「後醍醐天皇宸翰御感状」は、年月日欠ながら、後醍醐天皇が元弘の変以来の足助重治の軍功を賞し、さらなる忠節を期待した感状である。
