【目次】
序―配列からバイオロジーへ
空間オミクス解析への期待
“使う”時代がやってきた
概論 空間オミクス解析の技術レビューと機器・データ解析ツール選択ガイド
◆ 実践編
第1章 技術とプロトコール
1 空間トランスクリプトーム Visiumによる新鮮凍結／FFPE組織検体の解析
2 空間トランスクリプトーム Visium のデータ解析ツール
3 空間トランスクリプトーム ロングリードシークエンスを用いたscRNA-seqおよびVisiumの全⻑cDNA解析
4 空間トランスクリプトーム 深層学習を活用したVisium測定結果の超解像度化
5 空間トランスクリプトーム Xenium In Situ
6 空間トランスクリプトーム HybISS（Hybridization-based in situ sequencing）
7 空間トランスクリプトーム Stereo-Seq（STOmics）
column ROI組織パンチングによる空間的遺伝子発現解析
column セミバルクRNA-seq
8 空間プロテオーム Hyperion Imaging Systemを用いた多重イメージングマスサイトメトリー
9 空間プロテオーム PhenoCyclerを用いた多重蛍光免疫染色
10 空間プロテオーム（空間トランスクリプトームも可能） GeoMxを用いたがん組織のマルチタンパク質発現解析
11 空間メタボローム メタボロームと時空間オミクスの融合とイメージングマス
第2章 データベース
12 バイオイメージングデータベースの現状と展望
13 遺伝子発現データベースを活用した空間・発生解析
◆ 応用研究編
第1章 発展的空間オミクス解析
1 空間オミクス解析を補う1細胞トランスクリプトーム技術の最前線
2 空間トランスクリプトームと1細胞トランスクリプトームの統合解析
3 空間トランスクリプトームに基づく細胞間相互作用ネットワークの解析技術
4 セルオミクスによる臓器・全身の空間コンテキスト解析
5 イメージングによるオミクス状態の推定
第2章 活用例と展望
6 免疫研究と空間オミクス解析
7 空間トランスクリプトームを用いた感染症研究の芽生え
8 心臓血管疾患と空間オミクス解析
9 がん免疫研究におけるシングル細胞解析と空間解析への展開
10 精神医学研究におけるゲノム解析と空間トランスクリプトームの現状
索引
