出版書誌データベース

ゲノムネットとは、米国バイオテクノロジー情報センター（NCBI）や欧州バイオインフォマティクス研究所（EBI）と並ぶ国際的なバイオ情報サービスで、京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンターによって開発・運用されている。本書は、そのゲノムネットKEGGの実用的な解説書で、1996年に第1版が、1998年に第2版が出版されているが、今回の第3版はKEGGを中核とした新しいゲノムネットを反映してまったく新しい内容に書き直されている。1章の概要に続き、2～5章で分子生物学関連データベースを統合的に検索するDBGET、ホモロジー検索のBLASTとFASTA、モチーフ検索のMOTIF、そしてさまざまな予測ツールなど従来からの標準的なデータベース利用法を、6～11章でKEGGの利用法をまとめている。とくに最後の章では、最近流行のDNAチップを利用した情報解析法を解説している。

1章　ゲノムネットの概要
1.1　ゲノムネットとは
1.2　ゲノムネットサービスの概要
1.3　DBGETの基本概念：分子生物学データのウェブ
1.4　KEGGの基本概念：遺伝子のウェブと分子間相互作用ネットワーク
1.5　ゲノムネットサービス一覧

2章　テキスト検索
2.1　DBGETとWWW
2.2　DBGET検索の概要
2.3　エントリーの形式
2.4　bfind検索
2.5　bget検索
2.6　LinkDB検索
2.7　STAG検索
2.8　DBGETのその他の利用法

3章　ホモロジー検索
3.1　はじめに
3.2　ゲノムネットのホモロジー検索
3.3　検索オプション利用の予備知識
3.4　ホモロジー検索の諸問題

4章　モチーフ検索
4.1　モチーフ検索システムMOTIF
4.2　利用の準備
4.3　モチーフライブラリ検索
4.4　配列データベース検索
4.5　プロファイル作成

5章　構造予測と機能予測
5.1　はじめに
5.2　マルチプルアライメント
5.3　タンパク質の二次構造予測
5.4　タンパク質の立体構造予測と表示
5.5　膜タンパク質の構造予測
5.6　細胞内局在部位と生化学的機能の予測
5.7　遺伝子領域の予測
5.8　遺伝子制御領域の予測

6章　KEGGのパスウェイ情報
6.1　PATHWAYデータベースとは
6.2　パスウェイマップの表現法
6.3　代謝パスウェイ
6.4　DBGETによるPATHWAYデータベース検索
6.5　制御パスウェイ
6.6　パスウェイ検索
6.7　おわりに

7章　KEGGのゲノム情報
7.1　GENESデータベースとオーソログテーブル
7.2　GENESの検索方法
7.3　GENESのリンク情報
7.4　オーソログテーブル
7.5　KO (KEGG Orthology)

8章　遺伝子ユニバースの探索
8.1　KEGG/SSDBとは
8.2　KEGG/SSDBを用いたオーソログ・パラログ検索
8.3　KEGG/SSDBにおけるモチーフ配列検索
8.4　URLの直接指定による検索の起動方法

9章　化合物と化学反応の検索
9.1　化合物と化学反応のデータベースLIGAND
9.2　Chemscapeによる化合物と化学反応の構造検索
9.3　反応パスウェイ計算
9.4　酵素と化合物の階層分類

10章　遺伝子アノテーション
10.1　はじめに
10.2　GFIT（Gene Function Identification Tool）
10.3　ゲノムネットの遺伝子機能予測法
10.4　コミュニティアノテーション
10.5　ゲノムネットの医学情報

11章　DNAチップの情報解析
11.1　DNAチップとは
11.2　KEGGのEXPRESSIONデータベース
11.3　KEGGのEXPRESSIONブラウザ
11.4　クラスター解析

●執筆者一覧
大久保宏一（日本SGI株式会社）
金久　　實（京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター）
神谷　知美（京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター）
川島　秀一（京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター）
小池　麻子（株式会社日立製作所）
五斗　　進（京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター）
佐藤　賢二（北陸先端科学技術大学院大学知識科学研究科）
佐藤　洋子（株式会社富士通九州システムエンジニアリング）
竹内　信江（京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター）
中井　謙太（東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター）
中谷　明弘（京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター）
平川　美夏（科学技術振興事業団）
福本　淳二（日本SGI株式会社）
古道　美穂（京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター）
宮崎　智史（株式会社富士通長野システムエンジニアリング）
藪崎　純子（京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター）
山本留美子（京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター）