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楽しかった夏休みが終わり、コーディたちスパイ暗号クラブのメンバー、おジャマじゃマット、テキサスから引っこしてきた双子たちは、そろって中学生になった。
バークレー中学には、新しい先生ミス・ブレッチリーが着任していた。彼女はジャーナリズムの先生だ。コーディはその先生のもとで、事件の調査と報道について学ぶことになった。
そんなある日、コーディたちのもとに暗号の手紙が送られてくる。内容は「学校の経費が何者かに盗まれている」という告発だった。
スパイ暗号クラブのメンバーは、さっそく学校内で調査を開始するが、やがて事件は、FBIが潜入調査に乗りだすほどの大事件であることがわかってくる。
はたして、犯人は誰なのか？　そして、コーディに告発の手紙を送ったのは誰なのか？　そしてその目的とは――！？

スパイ暗号クラブ規則／登場人物紹介／暗号解読表／地図

第１章　不穏な新学期！？／第２章　匿名の手紙／第３章　第二のメッセージ／第４章　誰の指紋？／第５章　黄金虫／第６章　謎、また謎……／第７章　指紋採取大作戦／第８章　内部告発者／第９章　大ピンチ！／第１０章　先生はどこ！？／第１１章　マットは語る／第１２章　実践！　パルクール／第１３章　夜の引っこし

暗号の解答編／スパイ暗号クラブ２　用語解説

訳：番　由美子
英語・フランス語翻訳者。訳書に「暗号クラブ」シリーズ（KADOKAWA)、『新訳　十五少年漂流記』、『新訳　海底２万マイル』（ともに角川つばさ文庫）などがある。現在、米国ニューヨーク州在住。

絵：ヒョーゴノスケ
イラストレーター、アートディレクター。16歳のとき「週刊少年ジャンプ」にて漫画家デビュー後、漫画家アシスタントを経てゲーム業界へ転身。本書のほか『ホラー横丁13番地』シリーズ（偕成社刊）『ぼくはこうして生き残った！』（KADOKAWA）の挿絵も手がけている。神奈川県在住。