目次

第一部　生命データサイエンスの基礎体力づくり
第1章　Unix系環境の準備
1　環境構築のための計算機の準備
2　プラットフォームごとの環境の準備
第2章　データ解析に向けたUnix系環境の使い方
1　コマンドラインシェル（コマンドインタプリタ）
2　パッケージマネージャ
他
第3章　Pythonによるデータ解析の基礎
1　Pythonの起動と実行
第4章　Pythonによるデータ解析の実践
1　実践：matplotlibによるグラフの描画
2　実践：VCF形式ファイル内の変異の集計
第5章　R言語によるデータ解析の基礎と実践1
1　解析環境とRのインストール
2　パッケージのインストール
他
第6章　R言語によるデータ解析の実践2
1　実践：DEG解析
2　実践：階層的クラスタリング・ヒートマップ描画
他
第7章　スパコン利用のためのはじめの一歩
1　大規模計算機での解析
2　国内におけるスパコンについて

第二部　生命データサイエンスの実践
第1章　オミクス解析の準備
1　オミクス解析外観
2　オミクスシークエンス解析
他
第2章　ゲノム解析
1　実践：ゲノムシークエンスデータからの点変異の検出
2　その他のゲノム解析手法・ツールについて
第3章　トランスクリプトーム解析
1　実践：RNA-seqデータからの発現量算出とヒートマップ描画
第4章　エピゲノム解析
1　実践：ChIP-seqデータからのヒストン修飾のパターン解析
2　その他のエピゲノム解析手法
第5章　シングルセル解析1
1　実践：scRNA-seqデータの一次解析
2　実践：scATAC-seqデータの一次解析
［Column］計測技術の進展とデータ量
第6章　シングルセル解析2
1　実践：scRNA-seqデータからのクラスタリングと細胞種同定
2　実践：scATAC-seqデータからのクラスタリングとcoverageプロットの作成
他
第7章　ロングリード解析
1　実践：全長cDNA-seqデータからの発現量算出と短鎖RNA-seqデータとの比較
2　実践：長鎖ゲノムシークエンスデータからの構造変異の検出
他